МФК Botanica расположен расположен на границе районов Свиблово и Ростокино СВАО Москвы. Выходы из действующих станций метрополитена «Ботанический сад» и станции МЦК «Ботаническая» интегрированы в торговый центр, шаговая доступность — 1 минута. Станция МЦК «Ботанический cад» входит в тройку станций-лидеров по пассажиропотоку в Москве («Площадь Гагарина», «Владыкино», «Ботанический cад»). Это число составляет 35 000 чел./сутки, а пассажиропоток метро 18 325 чел./сутки. От делового центра «Москва-Сити» до Botanica Plaza можно добраться по прямой на МЦК за 25 минут.
Проект находится на вечерней стороне ул. Вильгельма Пика. Дополнительный подъезд организован со стороны проезда Серебрякова. В непосредственной близости к участку расположена крупная рекреационная зона — Главный ботанический сад РАН, а также ВГИК (количество студентов — более 1)